水牛研究所根据国内外水牛发展趋势和结合广西水牛发展特点以及市场的需求，主要开展三方面的研究：
      1、水牛胚胎生物技术: 根据广西水牛奶业开发现状和发展要求以及水牛种源紧缺的状况，以水牛胚胎生物技术的研究与应用为主要研究方向。在现有的技术基础上，完善体外受精和胚胎移植工作，重点加强活体采卵和胚胎冷冻技术的研究，同时开展水牛克隆技术，转基因技术和性别控制等研究，建立一套完整的良种水牛胚胎生物技术操作规程，在研究和开发上达到国际先进水平，并向胚胎生产工厂化,产业化方向发展。最终建成我国南方良种水牛胚胎生产中心，以加快良种水牛扩繁速度，不断提高水牛种源质量；不断培养和引进人才，以实验室的技术成果为动力源泉，结合人工授精技术，以点带面，加强水牛奶业的示范基地县建设，加快水牛杂交改良和良种化进程，围绕品种改良进行攻关突破，推进广西水牛奶业开发和产业化建设，以丰富城乡居民菜篮子和增加农民经济收入，实现全面奔小康为奋斗目标。
      2、水牛营养研究:通过对水牛瘤胃代谢规律的研究，水牛营养标准制定，水牛饲料资源开发研究，以及水牛相关营养的其它研究，利用营养调控措施来减少疾病，提高水牛产奶量和繁殖性能，最大限度地发挥水牛性能，增加水牛养殖效益。
      3、水牛产品加工与贮藏:利用水牛产品（如奶、肉）质量优势的特点，重点研究水牛奶加工与贮藏技术，研发水牛奶系列产品，以提升水牛产品的附加值。